১৯৪৮-৫১ খ্রিষ্টাব্দে তিন হাজারেরও বেশি কমিউনিস্টকে গ্রেফতার করা হয় এবং শত শত নেতা-কর্মী বিনা বিচারে বছরের পর বছর কারারুদ্ধ থাকেন। পার্টির সদস্যরা আত্মগোপন করেন এবং বেশির ভাগ ক্ষেত্রে জনবিচ্ছিন্ন হয়ে পড়েন।
১৯৫০ খ্রিষ্টাব্দের মে মাসে অনুষ্ঠিত ভারতের কমিউনিস্ট পার্টির কেন্দ্রীয় কমিটির পূর্ণাঙ্গ অধিবেশনে একটি নতুন অন্তর্বর্তীকালীন কমিটি নির্বাচিত হয়। ১৯৫১ খ্রিষ্টাব্দের এপ্রিল মাসে প্রকাশিত পার্টির একটি খসড়া কর্মসূচিতে জাতীয় বুর্জোয়া, সামন্ত ও সাম্রাজ্যবাদবিরোধী শক্তি হিসেবে ব্যাপকভিত্তিক ফ্রন্ট গঠনের আহ্বান জানানো হয়। পার্টি সশস্ত্র সংগ্রাম পরিত্যাগ করে নেহরু সরকারের সঙ্গে সহযোগিতা করতে শুরু করে এবং সংসদীয় রাজনীতিতে অংশগ্রহণের সিদ্ধান্ত নেয়। পূর্ব বাংলায়ও পরবর্তীতে এ ধরনের পরিবর্তন ঘটে। ১৯৫১ খ্রিষ্টাব্দে বিভিন্ন জেলা থেকে আগত কমিউনিস্ট প্রতিনিধিদের এক সম্মেলনে গৃহীত সিদ্ধান্ত পাকিস্তানের কমিউনিস্ট পার্টি পেটিবুর্জোয়া রাজনৈতিক দলগুলোর মধ্যে প্রবেশ করে নিজেদের সংগঠিত করার ওপর গুরুত্ব আরোপ করে।